Das Rechnungsprüfungsamt hat innerhalb der Kreisverwaltung und bei seiner Arbeit in den Kommunen eine gesonderte Stellung: Rechtlich ist es unmittelbar dem Kreistag bzw. dem Gemeinderat unterstellt und nur diesem verantwortlich. Bei der sachlichen Beurteilung der Prüfungsvorgänge ist es unabhängig und insoweit an Weisungen nicht gebunden.

Dem Rechnungsprüfungsamt obliegt die Prüfung der Jahresabschlüsse der 14 kreisangehörigen Kommunen inkl. der Mitgliedsgemeinden der Samtgemeinden. Die Stadt Aurich verfügt über ein eigenes Rechnungsprüfungsamt. Daneben führt das Rechnungsprüfungsamt die Jahresabschlussprüfung bei den kommunalen Eigenbetrieben, Stiftungen, Zweckverbänden, kommunalen Anstalten und bei den privatrechtlichen Unternehmen durch, sofern eine Gebietskörperschaft die Mehrheit der Anteile eines Unternehmens besitzt und wenn der Jahresabschluss nicht aufgrund anderer Rechtsvorschriften zu prüfen ist.

Neben der Erörterung von Prüfungsergebnissen mit den geprüften Fachbereichen, Einrichtungen oder Gesellschaften wird über die bei den Prüfungen getroffenen Feststellungen regelmäßig schriftlich und mündlich in den zuständigen Ausschüssen berichtet. Die Feststellungen des Rechnungsprüfungsamtes werden in Prüfungsberichten zusammengefasst.

Die Verwaltungsführungen können diese Erkenntnisse und Empfehlungen in ihr künftiges Handeln einbeziehen und damit Fehler vermeiden sowie Verfahrensabläufe optimieren. Für den Kreistag, die Stadt- und die (Samt-)Gemeinderäte, aber auch für die Gesellschafterversammlungen sind diese Prüfungsberichte Grundlagen für die Entscheidung über die Entlastung des Landrates und der Bürgermeister bzw. der Geschäftsführer. Insbesondere im Zuge der ständigen Verwaltungsmodernisierung nimmt darüber hinaus die Bedeutung der begleitenden und beratenden Prüfungen im Vorfeld von Entscheidungen eine stärkere Rolle ein.